کلیسای وان بزرگترین کلیسای اصفهان است که در محله تاریخی و ارمنی نشین جلفا واقع شده است. بعد از استقرار ارامنه در حاشیه زاینده رود و در منطقه جلفا نخستین کلیسایی که بنا می شود کلیسای وانک یا همان آمنا پرکیچ است که به معنای نجات دهنده همگان است. این کلیسا نخست به کلیسای جلفا نیز مشهور بود. کلیسا و نمازخانه آن به صورت کاملا ساده و بی پیرایه ساخته می شود و به مدت نیم قرن محل عبادت و انجام امور مذهبی ارامنه جلفا بود. نیم قرن بعد در سال 1655 میلادی و مقارن با حکومت شاه عباس دوم به دستور روحانی اعظم ارامنه کلیسا تخریب شده و کلیسایی به مراتب باشکوه تر و بزرگت روبروی کلیسای قبلی ساخته می شود.

ساخت کلیسا نه سال به طول انجامیده و سرانجام در سال 1664 میلادی به پایان می رسد. مصالح اصلی بنا از خشت و آجر پخته است. نمای بیرونی کلیسا با کاشی کاری های زیبا با نقش فرشتگان بالدار در گوشه و کنار کلیسا آراسته شده است. بر روی سقف کلیسا گنبدی بزرگ با پایه ای کوتاه به چشم می خورد و از کاشی کاری و نقوش اسلیمی نیز برای آراستن نمای بیرونی کلیسا استفاده شده است که نشان از تاثیر معماری اسلامی بر ساخت کلیسا دارد. کلیسا شامل دو ورودی است که در  اضلاع جنوبی و غربی تعبیه شده اند. کتیبه ای در سر در ورودی سال آغاز و پایان ساخت کلیسا را ذکر کرده است.رواق ها و طاق نماهای ببیرونی نیز با هنر آجرچینی و کاشی کاری با کاشی های هفت رنگ و نقوش گل و گیاه و اسلیمی جلوه بسیار زیبایی را ایجاد کرده اند.

در سال 1702 میلادی برج ناقوس کلیسا نیز توسط خلیفه جمالیان ساخته می شود که در نزدیکی ورودی غربی تعبیه شده است. در زیر برج ناقوس و حیاط داخلی کلیسا بسیاری از پیشوایان و بزرگان ارامنه به خاک سپرده شده اند. کلیسای اصلی شامل بنایی مستطیل شکل است که گنبدی بربالای آن تعبیه شده که هشت نورگیر بر پایه آن بنا شده است. داخل گنبد یکسره با نقاشی های زیبا و ظریفی آراسته شده است که بسیار چشم نواز است. در سرتاسر کلیسا نقاشی های حیرت انگیزی به چشم می خورد. نمازخانه نیز با نقاشی های بی بدیلی آراسته شده است و محل ایستادن کشیش در آن تعبیه شده است. پایین تر از جایگاه کشیش محل ایستادن جایگاه گروه کر و سرودخوانان قرار دارد. دور تا دور کلیسا را تصاویری فرا گرفته است که از داستان تولد حضرت عیسی تا رحلت حضرت مریم را به تصویر کشیده است. انتهای پایینی دیوارها نیز با کاشی کاری هایی زیبا پوشانده شده است.

در محوطه کلیسا کتابخانه ای توسط یکی از خلفای ارمنی ساخته می شود و کتاب های خطی باارزش ارامنه در آن نگهداری می شود. مجسمه های دوتن از شعرای ارمنی نیز در دو طرف ورودی این کتابخانه قرار گرفته است. علاوه بر کتابخانه در کنار کلیسا موزه ای قرار دارد که تاریخ ارامنه را به نمایش می گذارد. لباس ها، صنایع دستی، فرامین حکومتی و کتب خطی ارامنه در این موزه  به نمایش گذاشته شده است. نخستین ماشین چاپ ایران نیز در این موزه نگهداری می شود. اولین کتاب چاپی ایران نیز کتاب زبور داوود است که توسط ارامنه جلفا به چاپ رسیده است. مجسمه مخترع الفبای ارمنی و خلیفه ای که نخستین ماشین چاپ را به ایران آورده است در این موزه نگهداری می شود.