یکی دیگر از موزه های متعدد شهر اصفهان، موزه هنرهای معاصر این شهر است. موزه هنرهای اصفهان در سال 1373 افتتاح شده است. بنای فعلی در دوره صفویه به عنوان جبه خانه یا همان مخزن اسلحه لشکر بنیانگذاری شده است و در دوره قاجاریه نیز بخشی از آن ویران شده و به عنوان مقر حکومت یا دارالحکومه مورد استفاده قرار می گیرد و از بخشی از آن نیز به عنوان زندان استفاده می شود. این بنا در دوره پهلوی محل استقرار استانداری اصفهان بوده است و هم اکنون به عنوان موزه هنرهای معاصر مورد استفاده قرار می گیرد. موزه هنرهای معاصر در کنار موزه هنرهای تزئینی و در عمارتی دو طبقه قرار گرفته است.
در طول سال موزه هنرهای معاصر اصفهان میزبان گالری های هنری و نمایش آثار هنرمندان متفاوت است. در بین این هنرمندان گاهی آثار هنرمندان مطرح جهانی نیز به نمایش گذاشته می شود. بسیاری از گردهمایی های هنرمندان، مرمت آثار باستانی، برگزاری سمینارهای تخصصی و تحقیق و پژوهش های گوناگون هنری در محل این موزه برگزار می شود. نخستین موزه قرۀن اصفهان نیز در محل موزه هنرهای معاصر افتتاح شده است. در این بخش 55 قرآن نفیس تاریخی به نمایش گذاشته شده است که توسط توریست و محقق اصفهانی آقای نادر قلی نادری رارانی به این موزه اهدا شده است. این قرآنهای نفیس در طول 39 سال و بیش از 400 سفر مختلف به اقصی نقاط جهان جمع آوری شده است.
هر یک از این قرآن ها از منظر تذهیب، نگارش و سایر تزئینات منحصربفرد است و متعلق به قرون مختلف تاریخی است. هر یک از این قرآن ها دارای ویژگی جالب توجهی است که آن را از سایر قرآن های مجموعه متمایز می کند. یکی از این قرآنهای نفیس دارای 70 ترجمه به زبان های مختلف می باشد. یکی دیگر از این قرآن های نفیس دارای ویژگی جالبی است که در آن هر صفحه با حرف "الف" آغاز شده و با حرف "و" به پایان می رسد. قدیمی ترین قرآن این مجموعه نیز متعلق به دوران عثمانی است و از صدر اسلام به یادگار مانده است. بازدید از این موزه به خواست اهدا کننده آثار رایگان بوده و موزه در تمامی روزهای هفته برقرار است. موزه هنرهای معاصر اصفهان در کنار موزه هنرهای تزئینی اصفهان در خیابان استانداری روبروی کاخ عالی قاپو قرار گرفته است.
