مسجد صاحب الامر تبریز که در کناره رودخانه مهران رود قرار گرفته، در روزگار حکومت شاه تهماسب صفوی و به دستور ایشان ساخته شده است. این مسجد که مسجد سلطنتی شاه تهماسب صفوی نیز نامیده می شود، بنابر برخی متون تاریخی بر بقایا و یا در کنار یک معبد میترایی باستانی ساخته شده است. این مسجد زیبا اما در سال 1045 ه.ق پس از تسلط عثمانی بر تبریز در زمان شاه تهماسب به دلیل مناقشات فراوان پادشاه عثمانی و پادشاه صفوی توسط سپاه عثمانی ویران می شود. با عقب راندن عثمانی های متجاوز و تسلط دوباره صفویان مسجد به فرمان پادشاه باردیگر بازسازی می شود. مسجد صاحب الامر د رهمان نگاه اول معماری منحصربفرد و گنبد و مناره هایی خاص دارد که تفاوتش را با سایر بناها کاملا به رخ می کشد.
پس از بازسازی مسجد وقوع زلزله ویرانگر 1193 ه.ق تبریز سبب می شود تا این بنا نیز به سان بسیاری دیگر از بناهای شهر تبریز ویران شود. بازسازی دوم این بنا در سال 1208 ه.ق توسط جعفرقلی خان از تبار دنبلی در دوران قاجار بازسازی شد. در سال 1266 ه.ق نیز میرزا علی اکبر خان که سمت مترجمی کنسولگری روس را بر عهدا داشت با هزینه شخصی خودش مدرسه و صحنی درخور ساخت و برخی از قسمت های داخلی مسجد را با تزئینات آیینه کاری مرسوم قاجار آراست. در سال 1326 ه.ش نیز مرمت هایی در این بنای تاریخی صورت گرفت. علت اینکه این مسجد به مسجد صاحب الامر شهره شده است این است که فردی که نام و هویتش امروزه مشخص نیست در عالم رویا و یا در عالم واقع وجود شریف امام زمان(ع) را در این مسجد مشاهده کرده است.
یکی از قدیمی ترین آثار برجای مانده از دوران صفوی دو تاق پوشیده با سنگ مرمر است. یکی از تاق های مرمرین که آراسته به کتیبه ای با عبارت نورانی" بسم الله الرحمن الرحیم" درست در دالان ورودی و در قسمت کفشکن قرار گرفته و با نقوش زیابی اسلیمی و طرح گل و گیاه آراسته شده است. کتیبه ای دیگر در این طاق فرمانی شاهی از شاه تهماسب صفوی و عنایات ملوکانه به مردم تبریز را در برگرفته است. تاق دوم در داخل شبستان مسجد قرار گرفته است. در این کتیبه نیز که به خط یکی از خطاطان شهیر تبریزی به نام علاالدین است حدیثی قدسی در باب مسجد کتابت شده است. در این مسجد صندوقی مشبک از جنس چوب به شکل مقبره چوبی قرار دارد که هیچ مدفونی در آن نیست.
علاوه بر تزئینات آیینه کاری زمان قاجار در بخش هایی از مسجد هنوز هم لوستر ها و چلچراغ های اهدایی انگلیس ها در زمان قاجار نیز قابل رویت است. شبستان بزرگ مسجد نیز با ستون ها و طاق های بسیار چشم نواز و زیباست. بخشی از این مسجد تاریخی امروزه به صورت موزه قرآن و کتابت تبریز در آمده است. در این موزه انواع قرآن های خطی و تاریخی منحصربفرد و سایر نسخ ادعیه و کتاب های خطی در معرض دید عموم قرار داده شده است. در این موزه باارزش چیزی در حدود 2200 اثر قرآنی نگهداری می شود که در میان آن ها می توان به تابلوهای خوشنویسی، قلمدان ريال ظروف چینی ظریف، پیراهن قسم و ... نگهدار می شود.
