مسجد سید یکی از زیباترین مساجد تاریخی شهر اصفهان است که ساخت آن در نیمه اول قرن سیزدهم ه.ق و در زمان فتحعلی شاه قاجار آغاز شده است. بانی ساخت این مسجد زیبا سید محمد باقر شفتی از علمای به نام اصفهان در دوره قاجار بوده است. به هنگام ساخت مسجد این سید جلیل القدر از دنیا می رود و در ضلعی شمال شرقی مسجد به خاک سپرده می شود. آرامگاه وی اکنون یکی از زیارتگاه های شهر اصفهان است و مردم بسیاری برای حاجت گرفتن به آرامگاه این سید بزرگوار مراجعه می کنند. . ساخت و ساز مسجد توسط فرزند و نوه ایشان ادامه پیدا کرده است. این مسجد وسیع دارای سه ورودی است و ورودی اصلی آن در ضلع شمالی مسجد قرار دارد که به درب زنجیر شهره است.

سقف داخلی این سردر با مقرنس کاری های ظریف و کاشی های معرق چشم نواز به زیبایی تزئین شده و در دیوارها و لچک های بلندای سردر از کاشی های خشت هفت رنگ با نقوش اسلیمی و پرندگان و گل­ها استفاده شده است.  ورودی دوم که به درب حمام دوقلو شهره است در ضلع جنوب شرقی و ورودی سوم با نام ملا علی میرزا در ضلع جنوب غربی مسجد قرار گرفته است. این مسجد نیز به سبک چهار ایوانه ساخته شده است. با ورود به صحن مرکزی حیاطی چهار ایوانه با حوضی در میان به چشم می خورد. یک سنگاب تاریخی نیز در صحن مرکزی قرار دارد. از ویژگی های منحصربفرد مسجد سید وجود 4 مهتابی در دو ضلع شرقی و غربی مسجد است.

مهتابی ها با کاشی گره ای، خطوط نستعلیق و خط زیبای بنایی به زیبایی آراسته شده اند. درب ها و پنجره های این قسمت نیز با هنر گره چینی آراسته شده اند. دور تا دور کتیبه هایی با خط ثلث بر زمینه لاجوردی به خط محمد باقر شیرازی خطاط به نام دوره قاجار به چشم می خورد. در ضلع جنوبی مسجد ایوانی زیبا آراسته با کاشی های معرق و مقرنس کار ی ظریف به چشم می خورد که برج ساعتی بر بلندای آن نصب شده است. در ضلع جنوبی همچنین گنبد خانه قرار گرفته است که سه محراب زیبا با کاشی کاری ها و مقرنس کاری های نفیس در آن به چشم می خورد. محراب ها با کتیبه هایی به خط ثلث و به قلم محمد باقر شیرازی، عبد الجواد که تاریخ 1254 ه.ق را به نمایش می گذارد. فضای داخلی گنبد با کاشی کاری معرق آراسته شده و کتیبه ای مدور بر زیر نورگیرهای گنبد به چشم می خورد. کاشی کاری های باشکوه این مسجد همگی در زمان نواده این سید بزرگوار و در آغاز قرن چهاردهم ه.ق صورت گرفته است.

این مسجد دارای دو شبستان وسیع و حجره های متعددی است که مورد استفاده طلاب قرار می گرفته است. از دیگر قسمت ها مسجد تالاری است که سید شفتی در آن به تدریس مشغول بوده و به نام چهلستون شهره است. این مسجد به سبب پرکاربودن تزئینات کاشی کاری و تنوع استفاده از خطوط بنایی، نستعلیق و ثلث و وجود کتیبه های متعدد تاریخی و همچنین وسعت زیاد در ردیف یکی از شاخص ترین آثار دوره قاجار در اصفهان است.